Como hacer urls limpias en php

Completo manual que te enseñará a hacer URL's limpias con PHP.
Pasarás de antiguas páginas con muchos parametros a url's más limpias y visuales.
Un ejemplo es el siguiente:
Tienes una URL del tipo : www.dominio.com/user.php?usuario=pepe
pasaria a ser www.www.midominio.com/usuario/pepe , totalmente configurable.

Formato: 
htm